南昌工程学院医院是一家集医疗保健、健康教育、卫生防疫为一体的综合性医院，设有预防保健科、急诊医学科、内科、外科、中医科、耳鼻咽喉科、医学影像科、医学检验科等科室，拥有彩色多普勒超声诊断仪、全自动生化仪、高频全自动X射线系统、动态心电图仪系统、耳鼻喉诊治综合工作台、自动体外除颤仪等诊疗设备。

医院主要负责全校师生的基本医疗、健康体检、健康教育、卫生防疫、学校人口与计划生育工作、指导校学生红十字会工作，另设有南昌工程学院应急救护培训示范基地、南昌工程学院无偿献血科普基地。